Fanette raconte l'histoire d'une fillette d'origine irlandaise, Fionnuala, qui s'exile au Québec avec sa famille en 1847 pour échapper à la terrible famine de la pomme de terre.
Après la mort de ses parents, victimes de la fièvre typhoïde, Fionnuala, qu'on appelle désormais Fanette, et sa soeur aînée Amanda sont recueillies par des cultivateurs, les Cloutier. Les deux soeurs, très malheureuses dans leur nouvelle famille d'accueil, où elles sont maltraitées, font une première tentative de fuite, sans succès. Puis Amanda, pour échapper à Jacques, le fils aîné des Cloutier, qui l'a violée la nuit de ses propres noces, décide de partir avec un négociant de passage, Jean Bruneau. Ce dernier est assassiné et Amanda disparaît dans des circonstances mystérieuses.