Mitsuha, une jeune fille élevée dans une famille traditionnelle, s'ennuie dans ses montagnes natales et voudrait connaître la vie excitante d'une grande ville. À Tokyo, Taki est débordé, entre le lycée, son travail à temps partiel et ses amis.Un jour, Mitsuha rêve qu'elle est un jeune homme à Tokyo, tandis que Taki se voit en rêve dans la peau d'une adolescente du Japon rural. Contre toute attente, leurs rêves respectifs sont devenus réalité : leurs corps se sont échangés et chacun vit la vie de l'autre !Attirés de façon inexplicable, Mitsuha et Taki vont tout faire pour se retrouver bien que le temps et l'espace semblent les séparer.