Bernard Werber naît à Toulouse, en Haute-Garonne, le 18 septembre 1961. À 8 ans, il écrit, dans le cadre d'un travail scolaire, l'histoire d'une puce se promenant sur un corps humain. Dès l âge de 13 ans, il écrit des histoires pour un fanzine, partie de sa vie qui lui servira pour ses romans, comme dans L Empire des anges. Après ses études en criminologie à l Institut de Criminologie de Toulouse et de journalisme à l École Supérieure de Journalisme de Paris, il devient pigiste dans plusieurs journaux (L Événement, Le Point, VSD, etc.) puis journaliste scientifique de 1983 à 1990 au Nouvel Observateur. Il rédige aussi des billets d humeur dans le magazine Eurêka. De ces années lui vient son goût pour la science, qu il mêle avec ses thèmes favoris, des fourmis à la mort jusqu aux origines de l humanité.
Bernard Werber publie son premier roman, Les Fourmis, en 1991. Ses oeuvres ont été traduites en trente-cinq langues. Avec 20 millions d exemplaires vendus dans le monde, Bernard Werber est, avec Marc Levy, l un des auteurs français contemporains les plus lus au monde. Il est même considéré comme une star en Corée du Sud, pays où il vend davantage qu'en France, et a reçu un accueil très enthousiaste en Russie.
Bernard Werber lors du salon du livre de Paris en mars 2012.
À la suite de son livre éponyme, il a lancé l Arbre des possibles, site Web et « projet pour rechercher ou imaginer les futurs possibles de l humanité ». Le premier long métrage de cinéma réalisé par Bernard Werber, Nos amis les Terriens, est sorti en avril 2007, et a été produit par Claude Lelouch.
Bernard Werber est membre du collectif d écrivains français La Ligue de l Imaginaire créé en 2008.