Le plus grand mystère de tous les temps : les origines de l'homme.

En Antarctique, des chercheurs ont mis au jour, enfouie dans la glace, une mystérieuse structure vieille de plusieurs milliers d'années. À l'intérieur, l'équipe fait une découverte qui va radicalement changer l'histoire de l'homme - mais qui pourrait également déclencher son extinction.

Scientifique émérite, Kate Warner est venue s'installer à Jakarta, en Indonésie, pour fuir son passé. Si se lancer à corps perdu dans ses recherches ne lui a pas permis de surmonter le traumatisme qu'elle a vécu, son acharnement l'a en revanche menée à une avancée fondamentale : un traitement pour l'autisme. Or l'aboutissement de ses travaux va s'avérer infiniment plus dangereux que ce qu'elle pouvait imaginer.

Le jour où deux enfants sont enlevés dans sa clinique, Kate est entraînée malgré elle dans un complot mondial aux conséquences imprévisibles.

Convaincus que ces progrès permettront d'accéder à l'étape suivante de l'évolution de l'homme, quitte à éradiquer la quasi-totalité de la race humaine, les membres d'une société secrète sont prêts à tout pour voler les secrets de Kate.

La course pour s'emparer du gène Atlantis est lancée.