Il y a un mois, les capsules rapatriant les derniers colons sur Terre atterrissaient en catastrophe. Les 100 originels, autrefois considérés comme des criminels, sont à présent des leaders respectés. L'heure devrait être à la célébration de l'alliance avec les Nés-Terre, mais une nouvelle menace ne tarde pas à apparaître : une secte d'illuminés s'est mis en tête de « soigner » la planète en guerre. en éliminant toute vie à sa surface.

Après qu'une vingtaine de leurs amis sont capturés, Clarke part à leur recherche, certaine de pouvoir s'entendre avec les fanatiques. Bellamy, lui, a une autre approche en tête : il ne laissera rien - ni personne - l'empêcher de sauver ceux qu'il aime. Captifs et craignant pour leur vie, Glass succombe peu à peu au charme du message hypnotique de la secte tandis que Wells doit trouver en lui les ressources nécessaires pour redevenir le chef qu'il était. Si les secours tardent à arriver, les jeunes prisonniers vont devoir subir un sort bien pire que tout ce qu'ils auraient pu imaginer.

Les 100 vont devoir mettre leurs querelles de côté et s'unir face à l'ennemi s'ils souhaitent un jour être vraiment chez eux sur Terre.