Après trente ans à travailler dans un petit commerce, Lyle vit désormais au rythme des saisons avec sa femme Peg, dans leur ferme du Wisconsin. Il passe ses journées au verger où il savoure la beauté de la nature environnante. Leur fille adoptive, Shiloh, et leur petit-fils bien aimé, Isaac, se sont récemment installés chez eux, pour leur plus grande joie.

Une seule ombre au tableau : depuis qu'elle a rejoint les rangs des fidèles de Coulee Lands, Shiloh fait preuve d'une ferveur religieuse inquiétante. Cette église, qui s'apparente à une secte, exige la foi de la maison entière et Lyle, en proie au scepticisme, se refuse à embrasser cette religion. Lorsque le prédicateur de Coulee Lands déclare qu'Isaac a le pouvoir de guérison, menaçant par là-même la vie de l'enfant, Lyle se trouve confronté à un choix qui risque de déchirer sa famille.

Interrogeant les liens filiaux, la foi et la responsabilité, Le Petit-fils dépeint avec justesse, tendresse et amour le combat d'un couple de grands-parents prêts à tout pour leur petit-fils.