Janvier 1944. Les bombardiers alliés sillonnent sans fin le ciel de l'Eifel, cette région frontalière de l'Allemagne avec la Belgique. Depuis son jardin, l'apiculteur Egidius les observe et pense à son frère, pilote, dont il n'a plus de nouvelles.
Tous les matins, Egidius porte un soin amoureux à ses abeilles. L'après-midi, il va à la bibliothèque, où il a entrepris de traduire les écrits d'un moine du XVe siècle racontant le retour dans l'Eifel du cœur de saint Cusanus, conservé dans du miel. Le soir, il entretient des aventures avec plusieurs femmes du village dont les hommes sont au front. Et la nuit, parfois, il transporte clandestinement des Juifs dans ses ruches jusqu'à la frontière. Écrit sous la forme d'un journal qui s'étend de l'hiver 1944 à l'hiver 1945,
Les Abeilles d'hiver est tout à la fois un traité poétique d'apiculture, une réflexion sur la nature de la liberté, une absorbante chronique de l'arrière et le portrait touchant d'un homme sans qualité sur le point d'être englouti par la fureur aveugle de l'histoire.