Jason Bourne est engagé pour incarner un membre du gouvernement américain lors d'un sommet politique avec le Qatar, afin de protéger le ministre de toute tentative d'assassinat. Mais alors que des hommes armés font irruption au beau milieu de la réunion et tuent l'ensemble des participants, sauf Bourne, il devient évident que leur cible n'est pas l'homme politique auquel il prête ses traits, mais bien Bourne lui-même.
Kidnappé et transporté dans un bunker, ce dernier se retrouve face au terroriste El Ghadan qui retient captive Soraya Moore, ancienne co-directrice de Treadstone et amie de Jason Bourne, ainsi que la fillette de deux ans de celle-ci.
Pendant ce temps, le Président des États-Unis est sur le point de se retirer d'un accord de paix historique entre Israéliens et Palestiniens - une initiative qu'El Ghadan tente désespérément d'empêcher. Le terroriste force alors Bourne à mener une mission spéciale : assassiner le Président.
Bourne est face à un choix impossible : sauver Soraya et sa petite fille, ou sauver le Président.