Lorsque, à la fin du lycée, Lane Fielding a fui Waddell, sa ville natale au fin fond de la Floride, pour l'anonymat de New York, elle s'est juré de ne jamais y revenir. Pourtant, vingt ans plus tard, fraîchement divorcée et mère de deux filles, elle se retrouve contrainte de retourner vivre chez ses parents, sur la plantation historique de la famille. Un lieu hanté par le passé et les crimes sinistres de son père, ancien directeur d'une maison de correction.
La disparition de sa fille aînée vient confirmer la malédiction qui pèse sur cette ville. D'autant que dix jours plus tard, une étudiante se volatilise à son tour. Lane, désespérée, entreprend alors de faire tomber les masques autour d'elle pour découvrir si quelqu'un n'a pas enlevé sa fille afin de se venger des crimes de son père.

Sous les eaux noires questionne la solidité des liens familiaux et le danger des sombres rumeurs qui peuvent courir dans une petite ville de province. tout en montrant qu'il n'y a parfois pas de pire endroit que le foyer parental.