La mise en page de Patient 13 comporte de nombreuses phrases énigmatiques, parfois des questions, dans les marges, ressemblant aux énigmes apparaissant dans les angles des murs de l'hôpital. Tout comme nombre de choses dans ce jeu, le livre comporte 13 chapitres commençant tous par une image du test de Rorschach, le dernier étant une campagne en 13 épisodes. Un personnage ne peut avoir plus de 13 points d'ancienneté, etc.
"Bienvenue" (3 pages) présente l'idée de départ du jeu ainsi qu'une liste d'inspirations cinématographiques, télévisuelles, littéraires et musicales.
"Un jour comme les autres" (7 pages) établit, au travers de la description de la première journée d'un nouveau patient, les bases du fonctionnement de l'asile : médicaments, services, règlement intérieur...
"Comment s'en sortir ?" (21 pages) définit le système de jeu : la création d'un personnage, la résolution des actions, etc. Ce chapitre se termine sur 5 fiches de personnages expérimentés, détaillés et illustrés.
"Démons intérieurs" (3 pages) présente un élément récurrent du jeu, les consultations. De temps à autre, un patient (personnage joueur) va avoir une séance privilégiée avec son médecin traitant, dont les conséquences influencent la Thérapie (campagne).
"L'enfermement rend fou" (12 pages) est une description détaillée de l'hôpital, unique décor du jeu, de son ambiance ainsi que de toutes ses pièces, salles et zones.
Les trois chapitres suivants présentent des occupants de l'asile. Les deux premiers présentent des personnages selon un format identique : nom ou pseudonyme, description, phrase type, alliés et ennemis, un secret. "Le personnel" (8 pages) fournit tous les détails sur les gens qui travaillent dans l'hôpital : le mystérieux directeur, les étranges médecins traitants, ainsi que les Blouses Blanches. "Les patients" (13 pages) fait de même avec quelques patients récurrents, étranges, dotés de secrets. Enfin, "Les autres occupants des lieux" (6 pages) présente, sans donner de caractéristiques, quelques habitants encore plus inhabituels du bâtiment.
"Artefacts déments" (5 pages) présente quelques objets surprenants, plus ou moins courants, que l'on peut trouver dans l'hôpital.
"Traitements aliénants" (6 pages) évoque des généralités sur les médicaments donnés aux patients dans l'hôpital avant de détailler 5 médicaments régulièrement utilisés.
"Conseils" (10 pages) fournit des conseils de maîtrise et d'ambiance au Docteur, qui va devoir établir l'atmosphère particulière du jeu, oppressante, mystérieuse et coercitive. Il faut donc équilibrer ces éléments pour que les joueurs s'amusent, et ce chapitre établit comment faire au mieux.
"Intrigues réactives" (6 pages), présente quelques synopsis, pouvant parfois se résumer à de courtes scènes, qui se produisent si les personnages accomplissent les actions qui les déclenchent, d'où leur nom. En découvrant tel secret, en accomplissant tel geste, ces intrigues vont se mettre en branle et ajouter une scène lors d'une séance, voire une séance entière à une thérapie. L'hôpital n'est pas si statique, ses habitants évoluent.
"Thanatos" (35 pages) est une Thérapie (campagne) formée d'une séance complète (scénario) et de 12 synopsis au cours de laquelle les patients vont découvrir de nombreux secrets de l'hôpital dont certains, particulièrement douloureux, profondément enfouis dans la mémoire du directeur et de ses assistants.
Une feuille de personnage vierge représente la dernière page du livre.