Thomas, dont la mémoire a été effacée, se réveille un jour dans un nouveau monde où vivent une cinquantaine d'enfants. Il s'agit d'une ferme située au centre d'un labyrinthe peuplé de monstres d'acier terrifiants. Les ados n'ont aucun souvenir de leur vie passée et ne comprennent pas ce qu'ils font là. Ils n'ont qu'un seul désir, trouver la sortie. Pour ce faire, les "coureurs" parcourent chaque jour le labyrinthe pour en dresser les plans - des plans qui changent sans cesse, puisque les murs se déplacent chaque nuit. Le risque est grand mais, dès son arrivée, Thomas a une impression de déjà-vu, il sait qu'il veut être coureur et résoudre l'énigme du labyrinthe.