Dans les années 1600, John Blackthorne, un navigateur anglais qui a rêvé d'accomplir le tour du monde, aborde aux côtes du Japon. Et pour lui l'aventure commence dans ce pays inconnu, mystérieux, en proie à de sauvages divisions féodales. Tandis que s'accomplit l'irrésistible ascension de Toranaga - qui deviendra Shôgun, le maître du Japon, John Blackthorne va vivre une extraordinaire aventure.
D'une foule de personnages infiniment vivants et divers, pères jésuites, guerriers, prostituées, se détache la figure de la très belle Mariko, épouse d'un samouraï et qui s'éprend de Blackthorne. Leur amour sera semé de guets-apens, d'intrigues cruelles et d'assassinats... Dans cette saga, deux civilisations s'affrontent. Le Japon révèle aux yeux Occidental tous ses contrastes: sa férocité et les rites de sa politesse, les raffinements de son érotisme et sa fascination de la mort.