Horus est le tout premier primarque retrouvé par l'Empereur. C'est son fils préféré, et c'est également le plus doué d'entre eux. Lorsque l'Empereur décide de retourner sur Terra afin de consolider le pouvoir politique de l'Imperium et pour, enfermé dans son palais, se lancer dans des recherches mystérieuses, il confie la direction de la fin de la Grande Croisade à Horus, en le nommant « Maître de Guerre »;. Ce titre confère à Horus une autorité égale à celle de l'Empereur sur l'ensemble des forces armées de l'Imperium, mais également sur toutes les ressources logistiques, les capacités industrielles et l'Administration de l'Imperium, qui soutiennent et accompagnent la Grande Croisade.

C'est à ce moment que les dieux du Chaos ourdissent un plan machiavélique afin de corrompre les enfants de l'Empereur, ainsi que l'Imperium dans son ensemble, en profitant d'une situation tendue au sein de l'empire ; Horus est en effet critiqué de toutes parts : par ses frères primarques, jaloux de l'honneur qui lui a été conféré, et par une administration impériale, l'Adeptus Terra, toute puissante et jalouse de ses prérogatives. Le Maître de Guerre se sent abandonné par son père et livré à lui-même à la tête du destin de l'humanité, alors que la fin de la Grande Croisade piétine.

En outre, de plus en plus de voix s'élèvent contre la Grande Croisade, aussi bien au sein de l'Impérium - où son caractère intransigeant et brutal commence à être remis en question - qu'au sein de mondes ralliés lors de la Grande Croisade. En effet, ceux-ci ont de plus en plus de mal à accepter l'Imperium comme une force libératrice et le voient de plus en plus comme un régime d'occupation. Même au sein des Astartes, certains s'interrogent sur leur avenir, une fois la Grande Croisade achevée : que vont donc devenir les plus puissants guerriers jamais créés par l'homme dans une galaxie bientôt pacifiée ? Bien évidemment, l'humanité aura toujours besoin de soldats pour maintenir l'ordre en son sein, mais aura-elle encore l'utilité de guerriers aux capacités sur-humaines, maintenant que les pires espèces extra-terrestres sont en voie d'extermination ?

De fait, de nombreux Astartes acceptent mal la possibilité d'être un jour mis à la retraite, alors que c'est par leur sang versé que fut bâti l'Imperium. Ils commencent alors à comploter en secret contre lui. Des loges guerrières secrètes commencent à s'établir au sein des légions, réunissant les Spaces Marines les plus ambitieux, ou les plus rétifs vis-à-vis de la discipline impériale. Beaucoup commencent à considérer qu'ils sont « au-dessus »; de l'humanité et non à son service, et que c'est à elle de se mettre à genoux devant eux et non l'inverse. Pendant cette période, le primarque Lorgar des Word Bearers, fervent religieux, est désavoué publiquement par l'Empereur alors qu'il voulait le diviniser. Lorgar prête alors serment aux Dieux du Chaos, qu'il considère comme des vrais dieux.

C'est dans ce contexte de plus en plus périlleux qu'est initiée l'Hérésie qui ébranlera à jamais l'humanité. Sur la lune de Davin, les partisans du Chaos tendent un piège à Horus et le blessent avec une épée volée sur une planète Xéno par le chapelain Erebus des Word Bearers. Cette arme, probablement modifiée par les puissances du Warp, est celle appelée la « Tueuse de Primarques »; ou « L'Anathème »;. Sous l'impulsion d'Erebus, le Maître de Guerre est soigné au sein de la Loge du Serpent, une organisation secrète Chaotique. Erebus l'emmène dans le temps, via le Warp, et lui fait entrevoir un passé et un avenir qu'Horus ne peut supporter. Malgré les avertissements transmis à travers le Warp par son frère Magnus le Rouge, Horus finit par succomber aux arguments du Chaos et se rallie à sa bannière.