Rome 1611, les plus grands esprits de l'époque se réunissent en secret.

L'Inquisition surveille Galilée et sa nouvelle invention, le télescope, ainsi qu'un des ses amis, un allemand, Johann Schreck dit Terrentius, médecin, chirurgien, botaniste, pharmacien, astronome et mathématicien. En doutant des « lois divines et immuables », ces savants s'opposent aux représentants de la religion qui règnent en dictateurs.

Terrentius est pour eux l'homme à abattre, lui qui pratique des autopsies et qui est en train de révéler que la manière dont fonctionne le corps humain n'est pas conforme à ce que disent les Saintes Écritures. Au cours de ses recherches, Terrentius découvre des papiers anciens qui parlent d'une contrée lointaine, gouvernée par les intellectuels et les savants : la Chine.

Il forme le projet de s'y installer et d'y vivre selon ses croyances, en poursuivant ses études. Pendant ce long et dangereux voyage, l'Inquisition ne cessera de le poursuivre. À Pékin, Terrentius triomphe : l'empereur lui propose officiellement de s'occuper de la reforme du calendrier de l'Empire.

L'ami de Galilée est une épopée passionnante qui évoque la guerre acharnée livrée par les hommes de l'Église aux hommes de science.