14 juillet 1099. Alors que les croisés sont aux portes de la ville, les habitants de Jérusalem se pressent autour d'un homme mystérieux connu sous le nom du Copte pour entendre ses derniers enseignements. La foule, composée de chrétiens, de juifs et de musulmans qui vivaient jusqu'alors en parfaite harmonie, s'apprête à livrer combat et la défaite semble imminente. Mais loin de toute stratégie guerrière, c'est une véritable leçon de vie qui leur est dispensée.
Le Manuscrit retrouvé est une invitation à repenser notre humanité qui pose une question d'une brûlante actualité : quelles valeurs subsistent lorsque tout a été détruit ?