Rome, 1600. Le philosophe et poète Giordano Bruno est condamné pour hérésie par l'Inquisition et brûlé vif. Boston, de nos jours. Un objet qui aurait appartenu à des alchimistes célèbres tels que John Dee et Isaac Newton est dérobé au musée de Boston. Les cambrioleurs portent un tatouage représentant l'emblème d'Ahnenerbe, organisation consacrée à la recherche archéologique et anthropologique fondée par Himmler. Memphis Thorndahl, agent spécial du FBI, mène l'enquête. Pendant ce temps, Gary, ex-pilote de l'armée britannique blessé au combat, souffre du stress post-traumatique. Ses rêves énigmatiques peuplés de créatures mythologiques, forteresses et cathédrales l inspirent à se rendre dans le sud de la France. Là, il rencontre Sandra, une étudiante passionnée par l'art gothique et le Moyen Âge. Ensemble, ils vont se lancer dans une odyssée à la découverte d'une histoire secrète qui, tel un fleuve souterrain, a traversé les époques, depuis l'Antiquité jusqu'au siècle des Lumières, et dont les échos se font encore entendre aujourd'hui.