Lorsque Alexander Concklin et Morris Panov, anciens membres de la CIA, reçoivent le même télégramme signé du nom de Jason Bourne, ils sont loin de penser que les fantômes du passé peuvent se réveiller. Jason Bourne n'a jamais existé aux yeux du monde. C'est le nom de code de David Webb, homme traqué devenu amnésique à la suite d'un mystérieux accident.

Treize ans après, il reprend bien malgré lui du service. Redevenu Jason Bourne, Webb doit affronter dans une lutte sans merci son ennemi de toujours : Carlos, dit "le Chacal", qui ne lâchera pas facilement prise.