1941, année de mutation. Rationnement de papier : de 12 pages, on tombe à 8 au n°23, puis à 6 au n°26, toujours format 38 x 28 (Pour offrir plus à ses lecteurs et remonter à 12 pages, le journal adopte dès le n°30 un format 20 x 28, qui perdure aujourd'hui). Mais l'enthousiasme reste vif, avec deux petits spéciaux de 16 pages à Pâques et Noël.
Vu les restrictions de papier, le rédactionnel cède la place au moteur du journal, les BD, qui couvrent de 50 à 70% selon les périodes. Jijé aborde la biographie avec "Don Bosco, ami des jeunes". Un nouveau venu, F. Vanhamrne, lance une épopée fantastique maritime, "Le Navire fantôme". Deux séries réalistes de "Paul Cartier" de Joë Ceurvorst. Reprise tolérée d'une série US, "Bob l'aviateur". Trinet et Trinette de Jijé affrontent le mystère de "Kamiliola", série hergéienne inachevée qui servira de base à "Blondin et Cirage" en 1952.
Lancement, au n° 40, d'un des grands héros classiques de la BD réaliste, "Jean Valhardi", sur un scénario de Jean Doisy. Jijé, maintenant libéré de toute influence, est maître de son art. Georges Cel lance les "cours du chef-pilote". "Bill l'Albatros" est remplacé par les "Conquérants du ciel" du même Away. Le numéro 36 contient un article sur l'utopie communiste qui est le seul cas connu, dans "Spirou", de propagande allemande.
A la fin de l'année, les Amis de Spirou (ADS) comptent 19 000 membres et l'afflux ne faiblit pas.